حدد قانون حماية الآثار العديد من الضوابط لحماية الآثار والأماكن الأثرية وقد حظر القانون بعض الأمور للحفاظ على المواقع والمنشآت الأثرية حيث نصت المادة 20 من القانون،  على أنه لا يجوز منح تراخيص للبناء في المواقع أو الأراضي الأثرية ويحظر على الغير إقامة منشآت أو مدافن أو شق قنوات أو إعداد طرق أو الزراعة في المواقع أو الأراضي الأثرية أو في المنافع العامة للآثار أو الأراضي الداخلة ضمن حرم الأثر أو خطوط التجميل المعتمدة.

وأكد القانون على أنه لا يجوز غرس أشجار أو قطعها أو رفع أنقاض أو أحجار أو أخذ أتربة أو أسمدة أو رمال، أو القيام بأي عمل يترتب عليه تغيير في معالم هذه المواقع والأراضي إلا بترخيص من المجلس وتحت إشرافه.

ويسري حكم الفقرة السابقة على الأراضي المتاخمة التي تقع خارج نطاق المواقع المشار إليها، والتي تمتد حتى مسافة ثلاثة كيلومترات في المناطق غير المأهولة، أو للمسافة التي يحددها المجلس بما يحقق حماية بيئة الأثر في غيرها من المناطق.

ويجوز بقرار من الوزير تطبيق أحكام هذه المادة على الأراضي التي يتبين للمجلس، بناء على الدراسات التي يجريها، احتمال وجود آثار بها، كما يسري حكمها على الأراضي الصحراوية، وعلى المناطق المرخص بعمل محاجر فيها.

وفي جميع الأحوال، تشترط موافقة اللجنة المختصة قبل صدور الترخيص أو القرار الوزاري المنصوص عليهما في الفقرتين الثالثة والخامسة من هذه المادة، وذلك كله بالتنسيق مع وزارة الدفاع لأخذ رأيها فيما يتعلق بالمناطق الإستراتيجية ذات الأهمية العسكرية والأراضي التي تخص وزارة الدفاع.