يعتبر الدير المحرق من أهم المحطات التى استقرت بها العائلة المقدسة ويشتهر هذا الدير باسم "دير العذراء مريم"، وتعتبر الفترة التى قضتها العائلة فى هذا المكان من أطول الفترات وتبلغ 6 شهور و10 أيام، والمغارة التى سكنتها العائلة هى أول كنيسة فى العالم.

نشأت كنيسة السيدة العذراء مريم الشهيرة باسم مارجرجس بدير المحرق العامر، فى أواخر القرن الـ18 الميلادي بإمكانيات بسيطة، وفى سنة 1878م بدأ القمص ميخائيل الأبوتيجي رئيس الدير في إنشاء كنيسة جديدة باسم السيدة العذراء، على أنقاض كنيسة مارجرجس وانتهى منها فى سنة 1880م.

ولأن اسم مارجرجس هو الذي كان سائدا على الألسن والدير كله باسم السيدة العذراء والكنيسة الأثرية باسم السيدة العذراء أيضا ظل اسم مارجرجس على الألسن حتى الآن، وأيقونات الكنيسة من الفن البيزنطي (مُثبتة على حامل الأيقونات) وترجع إلى أواخر القرن الـ19 الميلادي، رسمها فنانان مشهوران بأورشليم، هما: نقولا تاودوري، ديمتري جرجس.

يوجد بالكنيسة ثلاث مقصورات، اثنان منها للقديسة العذراء مريم، أما الثالثة فهي مقصورة لرفات القديس القمص ميخائيل البحيري، وقام المتنيح الأنبا ساويرس رئيس الدير بتجديد الكنيسة أواخر عام 1990م  بهمة ونشاط، وافتتحت  23 فبراير 1991م.