تستخدم المضادات الحيوية فى الحيوانات لهدفين إما كعلاج أو كمنشط للنمو وزيادة الــوزن وتحسين الكفاءة الإنتاجية للتحويل الغذائى الحيوى فى الحيوانات عن طريق قتل البكتيريا الموجودة فى القناة الهضمية التى تعيـق عملية الهضـم، وبالتالى يحصـل المربى على كتلة لحمية أكبر من الطائر أو من الحيوان الذى يربيه، كذلك اســتخدامها بجرعات تحت علاجية يطلق عليها إضافة أعلاف أو منشطات نمو أو محسنات نمو.

ووفقاً لبحث علمى لمعهد صحة الحيوان فمشكلة استخدامات المضادات الحيوية ترجع للأسباب الآتية:

1- المشكلة تكمن فى عدم التزام الجهـات الإنتاجيـة بفتـرة الأمـان التى تقتضى عدم السماح ببيع الحيوان أو منتجاتـه حتـى يـتم الـتخلص مـن متبقيـات المضـاد الحيـوى أو فضـلاته، فهنـاك أنـواع مـن المضادات الحيويـة لهـا آثـار متبقيـة، وهنـاك أنواع أخرى ليس لها آثار متبقية، وهناك قوانين تمنع ذبح الحيوان الذى تعاطى مضادات لهـا آثار متبقية قبل مرور أسبوعين من التوقف عن استخدام هـذه المضـادات وأسـبوع للمضـادات التى ليس لها آثار متبقية، أما الدواجن فإنها غالبا خلال 3 أيام فقـط مــن التوقـف عـن الاســتخدام لأن الـدواجن أسرع مــن الحيوانات فــى التخلص من بقايا المضادات الحيوية .
2- المشكلة تكمن فى الآثار غير المرغوبة للمضاد الحيـوى نتيجـة لتـأثيره فـى القنـاة الهضـمية للحيوان الذى يعطـى الفرصـة لتكـوين البكتريـا المانعـة فـى أمعائـه ممـا يـؤدى إلـى تلـوث لحـوم الحيوان ومنتجاته وانتشار هذا النـوع مـن البكتريـا فـى البيئـة، والتفسـير العلمـى لتلـوث اللحـوم يكمـن فـى أن البكتريـا تطـور إمكاناتهـا الدفاعيـة فـى مواجهـة المضـادات الحيويـة، وينـتج عـن ذلك مـا يسـمى بالممانعـة أو المقاومـة والممانعـة هى تكيـف وراثـى ينتقـل عبـر الأجيال للتوافق مع ظروف البيئة، وتزداد فرصة الممانعة فى البكتريا لأنها تتضـاعف كـل 20 دقيقة وتنتج عـدة أجيـال فـى غضـون سـاعات قليلـة تتـوفر لهـا فرصـة التكيـف بصـورة كبيرة كمـا أن تخليـق بكتريـا ممانعـة تـؤدى إلـى انتشـار مسـببات الأمـراض التـى لا يسـتجيب للعلاج، ولا تخضع لتأثير الدواء مما يؤدى إلى فقد أو نقص الإنتاجية وتحقيق خسائر كبيـرة.
3- مشكلة بقاء المضـادات الحيويـة فـى جسـم الحيـوان أو الـدجاج تمـنح البكتيريـا مناعـة وقـدرة على المقاومة لتأثير المضادات، والذى ينتقل فى النهايـة إلـى الإنسـان، ويتـراكم داخـل جسـمه مما يجعله يصاب بتلك البكتريا، والتى اكتسبت قدرة علـى المقاومـة، وبالتـالى يسـتحيل العـلاج وقد يصاب الإنسان بأمراض خطيرة مثل تليف الكبد والأورام السرطانية.